本中心以培養、繁殖及代養實驗動物，提供醫學中心師生動物實驗及研究，是多樣性、多功能的動物房舍，現有設備及狀況如下：
- 設備：
- 獨立空調機組設計--採用高效率過濾網濾過且全換氣式之空調系統。
- 繁殖區密閉系統--生產無特定病原菌的大鼠及小鼠。
- 感染動物實驗區--負壓設計系統，符合P2感染實驗室原則，避免感染實驗之病原菌擴散，保障感染實驗區動物及人員的安全。
- 外科實驗手術區--配備有麻醉機、心電圖儀、呼吸器、顯微手術專用顯微鏡及腹腔鏡等，提供外科手術、器官移植及腹腔鏡手術之動物實驗教學實習場所。
- 檢疫區--針對外購動物(特別是兔、狗、豬等中大動物)進行嚴格檢疫及監控，施打疫苗，避免病原菌帶入動物中心。
- 動物代養區--提供實驗進行中動物完善之標準操作程序飼養管理制度。
- 清洗消毒設備區--設有兩部高壓滅菌鍋及自動隧道式洗籠機，提供飼養管理所需之潔淨物品。
- 現況：
- 目前年產約40,000隻無特定病原菌品質之大小鼠動物，提供院內師生使用。
- 繁殖疾病模式動物。
- 繁殖國內碩果僅存的同源近交系小鼠。
- 代養區由動物中心統籌管理，目前代養大小鼠約9,000隻，中型動物約 180隻，大動物約20隻。
- 品質與環境監測：
- 定期每三個月實施實驗動物品質的健康監測，由各繁殖區、待售區及代養區抽測動物進行包括內外寄生蟲、血清抗體(MHV、 PVM、SDAV、Sendai、LCM及Mycoplasma)及氣管、盲腸病原微生物分離鑑定。長期以來Barrier system一直維持很高品質之動物生產。
- 定期每半年進行遺傳監測其項目有皮膚移植及電泳動分析實驗( 包括Carbonic Anhydrase-2、Beta Chain Hemoglobin)長期以來皆未發生混染之情況。
- 環境監測(每月一次)進行落菌數監測，以監測各動物室之清潔度。
- 提供並協助附設醫院外科進行器官移植手術之大動物代養及實習場地。
- 未來發展前景：
- 繁殖基因轉殖、基因剔除小鼠及基因轉殖技術之研究發展。
- 建立SCID小鼠疾病模式，提供研究者使用。
- 擴充動物中心空間，配合醫學中心發展，設立跨領域生醫暨臨床前動物試驗中心。